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扫描电镜主要应用于对样品微区形貌，结构与组成进行观察与分析。它以分辨率高，景深好和操作简单而被广泛应用与材料学，物理学，化学，生物学，考古学，地矿学和微电子工业
通过表面处理（例如沉积出不同组成，形态及厚度的膜层以及光刻蚀表面等等）可以有效地提高材料硬度和光学物理性能。通过扫描电镜可以对镀膜表面形貌，断口膜层形貌进行观察，并对膜厚进行测量；可以观察到光刻蚀之后试样表面形貌变化情况等等。
扫描电镜可用于观察生物活性钛材料和生物陶瓷材料以及这些材料经过特殊处理后的表面形貌以及羟基磷灰石或细胞在这些材料表面的生长情况。
此外，扫描电镜还能用于观察水凝胶的孔洞结构，胶原的纤维结构，人工骨的孔分布情况以及磁性生物显影材料的尺度及包覆情况等，为改善合成工艺，制备性能的生物材料提供了依据。如图6所示，显示的是钛片经不同方法处理后在表面生长羟基磷灰石的情况。
扫描电镜可应用在哪些地方？
1、金属、陶瓷、矿物、水泥、半导体、纸张、塑料、食品、农作物和化工产品的显微形貌、晶体结构和相组织的观察与分析。
2、各种材料微区化学成分的定量检测。
3、粉末、微粒、纳米样品形态观察和粒度测定。
4、机械零件与工业产品的失效分析。
5、镀层厚度、成分与质量评定。
6、刑侦案件物证分析与鉴定。
7、新材料性质的测定和评价。
等等
扫描电镜的焦深比透射电子显微镜大10倍，比光学显微镜大数百倍。由于图像景深大，因此扫描得出的电子像富有立体感，具有三维形态。相较于其他显微镜，能够提供更多的信息。
扫描电镜的特点是：
①、观察试样为不同大小的固体（块状、薄膜、颗粒），并可在真空中直接进行观察。
②、试样应具有良好的导电性能，不导电的试样，其表面一般需要蒸涂一层金属导电膜。
③、试样表面一般起伏（凹凸）较大。
④、观察方式不同，制样方法有明显区别。
⑤、试样制备与加速电压、电子束流、扫描速度（方式）等观察条件的选择有密切关系。
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