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扫描电镜是介于透射电镜和光学显微镜之间的一种微观形貌观察手段，利用极狭窄的电子束去扫描样品，通过电子束与样品的相互作用产生各种效应从而微观成像，其成像富有立体感，利用扫描电镜我们可直接观察各种样品表面的细微结构。
扫描电镜在生物医学领域有广泛的应用，主要应用于细胞或组织样本表面超微结构的观察分析，例如细胞表面结构，气管，肠道，皮肤、纳米药物、生物医学材料、细菌、真菌等。
扫描电镜能分析矿物表面形貌，组织和组成。通过扫描电镜（SEM）观测矿物微区变化能为矿物成岩环境与历史演化分析提供证据；能观测粘士矿物形态，分布，性质与共生组合等特征，为粘土矿物成因与地球化学背景分析奠定基础；能分析储集岩矿物组成，结构构造，孔隙类型与成因等特征，并为储层优劣评价提供参考。
扫描电镜结合能谱可以对出土的文物进行无损的显微结构分析和化学成分鉴定。它可对金币、银币和铜币表面进行分析，确定其金、银和铜纯度及含量，为分析当时的铸造工艺提供证据；可分析古字画、窑胎釉所用颜料的种类和配比。为进一步判断其来源和破解制备工艺提供参考；可分析织物，判定织物材质，织法工艺，为织物的保护和修复提供有力帮助
在材料领域中，扫描电镜技术发挥着极其重要的作用，被广泛应用于各种材料的形态结构、界面状况、损伤机制及材料性能预测等方面的研究。利用扫描电镜可以直接研究晶体缺陷及其产生过程，可以观察金属材料内部原子的集结方式和它们的真实边界，也可以观察在不同条件下边界移动的方式，还可以检查晶体在表面机械加工中引起的损伤和辐射损伤等。
扫描电镜可粗略分为镜体和电源电路系统两部分。镜体部分由电子光学系统、信号收集和显示系统以及真空抽气系统组成。
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